FSCの最高意思決定の場となる会員の総会は3年に1回開かれます。総会ではFSCの今後の方向性に関わる多くの動議が会員によって審議・採決されます。動議は会員1名から提出することができ、会員2名以上の支持を経て、全会員の投票にかけられます。内容は定款の改定、新たな方針の策定、さらに、理事会によって決定した方針の解釈や改定の要請や撤回など様々です。
議決には、各分会が3分の1の投票権をもち、更に各分会内で南北が半分の投票権を持つことで、利害グループや経済状況による影響力などのバランスが保たれています。また、全ての個人メンバーの投票は各副分会全体の10%、法人メンバーは90%になるように調整されます。 ここで採決された決議を実際に実現し、実務・運営を行うのが、現在はドイツのボンにあるFSC本部事務局です。
FSCの方針や規格などを決定するFSC理事会は、3つの各分会の南北それぞれからの代表者から成り、意見の均衡が保たれるよう構成されています。